1、硅油对视网膜存在一定的毒性，虽然毒性较小，但如果硅油在眼内填充的时间比较长，可能会造成视网膜损伤，导致视网膜变薄、细胞减少等。
这种损伤与硅油内所含的杂质有关，硅油纯度越高，则安全性越高。
2、硅油填充在眼内会接触角膜，可能会阻碍水进入到角膜基质层，造成角膜组织的改变，出现带状白斑，称为角膜变性。
3、硅油填充在眼内会促进白内障的发生，而且硅油在眼内填充的时间越长，白内障就越严重。
部分年龄比较大的患者本身也会发生白内障。
因此在取出硅油时，还需要进行白内障的手术治疗。
4、硅油填充在眼内会导致眼压升高，引起青光眼，可能与硅油乳化或者硅油的位置有关，也可能与硅油长时间顶压视网膜有关。
硅油眼虽然会有一定的并发症，但硅油对于眼内填充、顶压视网膜都非常重要，所以很多视网膜脱离的患者，在玻璃体视网膜手术之后，都需要进行硅油填充，但一般3~6个月后需要取出硅油。