1、含消炎作用药：如阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等抗生素类药物，以及美沙拉秦肠溶片等非甾体抗炎药，慢性肠炎可能是由于患者肠道内出现感染所引发，患者遵医嘱吃上述药物可以控制病情。
2、改善肠道菌群药物：包括双歧杆菌活菌胶囊、乳酸菌素片或者地衣芽孢杆菌活菌胶囊等，这类药物可以调节患者肠道内的菌群，使肠道内有益菌增多，帮助阻止病原菌对肠道的侵犯，从而减轻有害菌对肠道黏膜的刺激，继而缓解临床症状。
3、抑制痉挛药物：如匹维溴铵片、马来酸曲美布汀片、丁溴东莨菪碱胶囊等，这些药物可以解除肠道痉挛，缓解慢性肠炎对身体产生的刺激，控制慢性肠炎给患者带来腹痛。
4、增加肠动力药物：如多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等，慢性肠炎患者的肠蠕动速度减慢，这类药物可以促进肠道蠕动，帮助消化，加快胃排空，缓解肠道内食物残渣积聚导致的恶心、呕吐等症状。
5、其他药物：患者还可遵医嘱吃蒙脱石散、复方黄连素片等止泻药，以及吃硫糖铝片等保护肠黏膜的药物，还有复方对乙酰氨基酚片等止痛药物。此外，还可吃硫唑嘌呤片等免疫抑制剂，以及柳氮磺吡啶肠溶片等氨基水杨酸制剂，上述药物对慢性肠炎引发的躯体不适也有改善效果。
患者出现慢性肠炎后要及时到医院消化内科接受肠镜检查，以明确诊断，然后根据医嘱按疗程服药，不能自行用药。对于慢性肠炎患者，平时要以清淡饮食为主，避免辛辣食物，如辣椒等，以防刺激到患者的肠道，加重慢性肠炎的症状。